다채로운 세상 속을 누비며

[Dynamics of CRISPR-mediated virus-host interactions in the human gut microbiome]이라는 제목의 논문을 읽기 시작했다. Abstract : 초록을 읽어보면 먼저 prokaryotic host와 mobile genetic element (MGE) 사이의 arm race가 microbial community의 ecological 또는 evolutionary change를 일으키는 중요한 driver임을 밝힌다. 130명의 건강하거나 질병이 있는 사람들로부터 얻은 데이터로부터 CRISPR-Cas immunity가 human gut mibrobiome의 dynamics와 coposition에 미치는 영향을 이해해보려고 한다. MGE의 종류에 따라서..

[Diverse virus-encoded CRISPR-Cas systems include streamlined genome editors]라는 제목의 논문을 읽기 시작했다. Abstract : 초록을 읽어보면 먼저 CRISPR-Cas system이 viral infection에 대응하기 위한 adaptive RNA-guided mechanism임을 설명한다. metagenomic data로부터 다양한 bacteriophage가 CRISPR system을 encode하고 있음을 발견했다고 밝힌다. 예시로 Cas lambda를 든다. 이를 통해 phage가 새로운 CRISPR-Cas system의 source가 될 수 있으며 plant와 human cell에서 genome editor로서 가지는 가치에 ..

[Roles of bacteriophages, plasmids and CRISPR immunity in microbial community dynamics revealed using time-series integrated meta-omics]라는 제목의 논문을 읽기 시작했다. biological wastewater treatment plant (BWWTP)를 microbial community의 모델로 삼아 CRISPR/Cas system을 중심으로 multi-omics을 이용해 dynamics를 밝혀보겠다는 내용인 것 같다.Results time-resolved meta-omics 데이터를 어떻게 수집했는지 설명한다. 평균적으로 8일 간격으로 수집해서 주요한 population인 Candidatus..